С 1996 по 2002 гг. - Председатель Государственной налоговой администрации Украины. В эти же годы Н.Азаров является членом Координационного совета по вопросам политики финансового сектора, Национального совета по согласованию деятельности общегосударственных и региональных органов и местного самоуправления, Совета национальной безопасности и обороны Украины, Валютно-кредитного совета Кабмина, Высшего экономического совета при Президенте, Межведомственной комиссии по вопросам регулирования рынка продовольствия, цен и доходов сельскохозяйственных товаропроизводителей, Координационного комитета по борьбе с коррупцией и организованной преступностью при Президенте.

С ноября 2002 по февраль 2005 гг. Н.Азаров занимает пост Первого вице-премьер-министра, Министра финансов Украины (в первом правительстве Виктора Януковича). Возглавляет ряд правительственных комиссий и координационных советов. В том числе Комиссию по вопросам обеспечения своевременности и полноты уплаты налогов и погашения задолженности по заработной плате, пенсиям, стипендиям и другим соцвыплатам; по приватизации ОАО "Укртелеком"; по вопросам неплатежеспособности; Координационный совет по вопросам создания системы ипотечного кредитования; по вопросам корпоративного управления в акционерных обществах и т.д. Выступает координатором сотрудничества украинского правительства с международными финансовыми организациями.